南京市溧水区中医院始建于1981年，是一所集医疗、教学、科研、康复于一体的综合性二级甲等中医医院，是国家级爱婴医院、江苏省中西医结合医院南部院区、南京中医药大学附属医院（筹）、江苏省中医院基层卫生服务基地、江苏卫生健康职业学院驻点教学基地、南京医科大学附属眼科医院溧水分部、“白内障无障碍省”扶贫定点医院、南京市白内障复明定点医院、溧水区眼病防治中心、溧水区城镇职工基本医疗保险、工伤保险、新农合定点医院、惠民定点中医院。
2018年12月18日医院整体搬迁至新址永阳镇文昌路201号。新院区占地面积126亩，总投资8.3亿元。一期工程医疗综合楼主体23层，建筑面积100001.67㎡。设置机动车停车位526个，非机动车停车位1200个，绿化率35%。开设17个病区，开放床位500张。设置24个临床科室,8个医技科室，诊疗体系完整，项目齐备。现有在职职工920人，其中卫生技术人员818人，正高级职称24人，副高级职称66人，中级职称164人，博士研究生6人，硕士研究生116人，本科463人。南京市名中医6名，溧水区中青年拔尖人才3名，江苏省农村优秀中医临床人才2名。目前医院拥有1300余台设备，总价值达1.3余亿元。其中GE256排高端CT1台；100万元以上设备18台；50万元以上设备36台；10万元以上设备214台；万元以上设备736台。
2017年12月，区人民政府与南京中医药大学附属中西医结合医院签署推进溧水区中医院发展合作协议，区中医院正式成为江苏省中西医结合医院南部院区，开启合作共建、同质化发展模式。通过技术力量下沉，省中西医结合医院下派13名具有高级职称的专家，其中2名担任院级领导，2名担任职能科室负责人，9名担任融合性科室科主任。年均派驻400余人次专家定期或不定期来院指导、坐诊。共开展新技术新项目144项、限制类医疗技术27项，包括首例心脏起搏术、首例ESD、首例ERCP、首例EUS、首例脊柱成形术、首例腰椎爆裂骨折后路复位固定术、首例髋关节置换术、首例腹腔镜下重复肾切除术、经颈内静脉长期透析管植入术等，填补了区中医院的医疗空白。启动和推进“胸痛中心”、“脑卒中中心”、“创伤中心”建设，全面提升急抢救能力。2019年5月6日在全区率先建成EICU（急诊重症监护病房），实现急诊患者从院前急救-院内抢救-康复出院闭环管理。骨伤科、脾胃病科为市级中医重点专科；心血管病科、肺病科、脑病科、针灸科、肿瘤科为市级中医重点专科建设单位；中风病纳入市级多专业一体化诊疗中心建设单位。积极推进“武心萍超声工作室”、“甲状腺、乳腺疾病诊疗中心”、标准化代谢性疾病管理中心等特色科室建设。在省中西医结合医院专家帮扶下开展科研工作，科教研工作稳步推进，近两年共申报各类省市级科研项目17项，中标项目4项。同时，医院还支持培育了20项院内科研项目。
溧水区中医院不断加强中医内涵建设。2018年启动三级中医院创建以来，创建工作高效推进，确立了“以评促建、以评促改、评建并举、重在内涵”的创建和评审理念。目前创建工作已通过市级评审，计划年底前接受省级正式评审。“治未病中心”、“针灸推拿中心”、“中医康复中心”和“中药制剂中心”四大中医药中心建设列入区政府工作目标，其中依托针灸推拿中心开设“中医经典病房”，开创了省内区县级中医院先河。借助本部中医优势，开设“杨桂云全国名老中医工作室”、妇产科“王佩娟工作室”、脾胃病科“田耀洲工作室”等中医名家工作室。中医特色诊疗区“国医堂”开设骨伤科、肿瘤科、脑病科、心血管科、内分泌科、肺病科、儿科、普外科、泌尿外科、眼科、耳鼻喉科、妇产科、皮肤科、脾胃病科、肾病科等专家、专科门诊。
2019年4月份正式组建“南京市溧水区中医院医疗服务共同体”，以溧水区中医院为核心医院，与和凤中心卫生院、柘塘中心卫生院组成溧水区中医院医共体，在医共体成员单位设立“医共体博士站”。2019年8月，以区中医院为龙头，区人民医院及8家镇街医疗机构为成员成立“溧水区中医专科联盟”；以提升全区中医药服务能力为目标，对全区中医药事业发展实行统一管理。
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