重庆市公共卫生医疗救治中心（以下简称“市公卫中心”）是重庆市唯一的三级传染病专科医院、重庆市传染病诊断及治疗权威机构，重庆市结核病、耐多药结核病、艾滋病治疗定点医院，主城片区突发公共卫生应急集中救治定点医院，同时也是重庆市结核病医疗质量控制中心、艾滋病医疗质量控制中心、呼吸道传染病医疗质量控制中心，西南大学附属公卫医院，陆军军医大学教学医院，遵义医科大学教学基地。
市公卫中心坐落于长江上游科教文化名区—重庆市沙坪坝区，前身分别创建于1943年（原重庆市胸科医院）及1945年（原重庆市传染病医院）。2008年，两所医院合并成立重庆市公共卫生医疗救治中心，固定资产5亿元，总占地面积690余亩（其中在建应急医院550亩），在建应急医院编制床位2500张（其中固定床位500张，临时应急床位2000张），歌乐山、平顶山院区编制床位800张。现有职工1018人，中高级职称355人（其中高级职称130人），硕士研究生学历及以上105人（其中博士11人），博士生导师2名，硕士生导师4名，重庆市创新领军人才1名、“西部之光”访问学者2名、重庆市中青年医学高端人才3名。主要拥有1.5 T医用磁共振成像系统、64排CT 、32排车载CT 、16排CT、全自动Gene Xpert 分子诊断系统、BD960全自动分枝杆菌快速培养监测系统、罗氏全自动核酸提取及荧光定量PCR仪、全数字彩色多普勒超声诊断系统、超高清电子支气管镜、电子胃肠镜、电子胸腔镜、腹腔镜、消化氩气刀、双能X线骨密度仪等医疗设备。
市公卫中心形成了歌乐山院区、平顶山院区“一体两翼”和应急医院（巴南区）新格局。歌乐山院区毗邻空气清新、风景秀美的歌乐山森林公园，主要承担传染病医疗救治任务和公共卫生传染病应急工作，在结核病和艾滋病的诊断治疗上力量雄厚，拥有一批全国知名专家，可快速确诊、有效治疗结核病和艾滋病，并开展相关临床科学研究，开设科室有：结核科（共设5个病区，分别为结核合并尘肺病区、结核合并糖尿病病区、耐药结核病区、结核性脑膜炎等肺外结核病区、结核合并药物性肝损伤及支气管结核病区）、感染科（设有3个住院病区、1个感染门诊）、胸外科、普外骨科、普内科、口腔科、眼/耳鼻咽喉科、急诊医学科、重症医学科、麻醉科、中医科、感染血液净化中心、药剂科、医学检验科、医学影像科、特检科、病理科、临床营养科、中心实验室、结核病研究室及消毒供应中心等。平顶山院区交通便利，邻接小龙坎平顶山森林公园，主要承担综合性医疗救治任务，并作为传染病急危重症救治的重要支撑，开设科室有：急诊医学科、消化肝病科、肾内内分泌科（含血液净化中心）、呼吸老年科、心内神内科、外科（普外、骨科、泌尿外科、神经外科专业）、康复医学科、妇产科、重症医学科、麻醉科、药剂科、医学检验科、输血科、医学影像科、特检科、内镜室及健康体检科等。应急医院位于巴南区，建成后将进一步完善重庆市公共卫生医疗救治体系，主要应对当前及今后可能发生的重大突发公共卫生事件。
市公卫中心集医、教、研、防为一体，是国家药物临床试验机构、国家中医药管理局“中医药防治传染病重点研究室”（临床基地）中国肝炎研究中心临床基地、中华传染病医院管理协会副理事长单位，建有重庆市“传染病学”、“中医传染病学”重点学科，“感染科”、“呼吸科（结核）”临床重点专科，以及重庆市博士后科研工作站、重庆市中青年医学高端人才工作室、重庆市中医药治疗艾滋病临床中心。先后主持并参与“十一五”、“十二五”、“十三五”国家科技重大专项及市科技局、市卫生健康委等各类立项科研项目80余项。与首都医科大学附属北京胸科医院、北京佑安医院、陆军军医大学西南医院等科研院所及医疗机构建立了长期、友好合作关系。
市公卫中心曾在历次传染病重大疫情医疗救治等工作中取得优异成绩，得到政府及社会各界的充分肯定和患者的一致好评。市公卫中心正以“人才建院、依法治院、科技强院、文化兴院”的治院方针向着以传染病为特色，集临床、科研、教学为一体的重庆权威、西南前列、全国一流、影响全球的省级感染病救治中心和三级甲等专科医院目标迈进。
