云南中医药大学第二附属医院(云南省血栓病医院)，为中西医结合医院，始建于1970年9月，前身为“云南省交通中心医院”；1990年省卫生厅又授予成为“云南省血栓病医院”，1995年被省卫生厅评审为三级乙等综合医院，2001年11月医院主体搬迁到目前所处的东郊路161号，2015年经省卫计委复评审确定为三级乙等综合医院。2018年6月13日正式成为云南中医学院第二附属医院，保留“云南省血栓病医院”牌子，2019年1月随上级学院升级更名为云南中医药大学第二附属医院。
经过近50年的发展，并在卫健委、中医药大学的坚强领导下，医院已成为一所以中西医结合治疗为鲜明特色，集脑血栓急救、治疗、康复、预防为一体，心血管、外科、肛肠、泌尿、神经外科、骨伤、妇产、内科、针灸推拿等专科齐备的三级中西医结合医院。为省、市医保定点医疗机构，并建有120东区急救站，参加全市急诊医疗网，承担突发公共卫生事件和灾害事故的紧急救援任务。
医院有东西两个片区。现有编制床位455张，职工478人，其中专业技术人员425人，正高15人，副高58人，中级94人。医院设有14个职能科室，23个临床医技科室。临床特色科室有血栓病专科和康复科，其他还有外一科、外二科、妇产科、急诊科、麻醉科、重症医学科（ICU）、口腔科、皮肤科、五官科、儿科、体检中心等科室；医技科室有检验、医学影像科、药剂科和功能科等科室。
先进的医疗设备能够有效的提高诊疗水平。医院现有菲利普DSA、西门子核磁共振、东芝80排螺旋CT、东芝彩超、奥林巴斯电子腹腔镜、电子胃肠机、ＧＥ公司ＤＲ、上下康复机器人等医疗设备。
我院全心全意为社会各界做好医疗卫生服务工作。被云南省、昆明市相关部门定为：“省、市职工医疗保险定点医疗机构”、“省市离休干部定点医疗机构”、“城镇居民定点首诊、双向转诊定点医疗机构”、“省新型农村合作定点医疗机构”、“昆明市工伤、计生定点医疗机构”。被昆明市评为“昆明市精神文明单位”被省市医保中心定为“收费信得过单位”。
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